No es un error de programación, fue diseñado de esa manera. La idea no era beneficiar la subida natural de los skills sino darle la posibilidad al usuario de asignar en cualquier momento. Muchos personajes en niveles bajos terminaban resultando INUTILES por el solo hecho de que estos estaban guardando skills para asignarlos en niveles más altos, con lo que perdían el real potencial de cada nivel. Con lo que implementamos, le damos más utilidad a los niveles bajos de cualquier clase para que puedan jugar y agitar desde el principio, pero no por esto íbamos a permitir que si igual quisiste asignar 90 skills de una, los siguientes 10 skills los subas en 5 minutos.
El poco impacto negativo (a mi criterio) de esto se puede ver quizás en skills que no son tan directos al combate como doma, supervivencia, y los de trabajo, pero es una gran ventaja para los skills que afectan directamente al combate y el entrenamiento cotidiano.
Espero con esto haber respondido tu duda.